Уже год прошёл с тех пор, как черепахи скрылись в Нортхемптоне. Рафаэлю это надоело — и он возвращается в Нью-Йорк, несмотря на сопротивление своих братьев. Родная канализация почти не изменилась, кроме того, что теперь в ней за каждым углом можно нарваться на отряд ниндзя клана Фут...

Черепахи пытаются пробраться в штаб клана Фут, и в этом им помогает трицератон Зог, судя по всему, помутившийся рассудком. Он приводит их на один из наблюдательных пунктов. И уже оттуда черепахи вычисляют путь к штабу...

Проникнув в логово клана Фут, черепахи сталкиваются с тремя Шреддерами-мутантами. С ними справиться вовсе не просто, а ведь есть ещё один — тот самый настоящий Шреддер, Ороку Саки...

Команда — нет, даже семья — черепах, учителя Сплинтера и их друзей распалась... Братья рептилии едут на поезде, Эйприл летит на самолёте, Кейси отправляется в путь на машине... Мастер Сплинтер медитирует...

Между тем в городе происходят интересные и важные события...

На Хэллоуин в город приезжает потомок Короля Воров, чтобы украсть одну статуэтку, которая даёт власть над существами-воришками. У него бы всё и получилось так, как он рассчитывал, если бы в дело не ввязались черепахи.

Во время прогулки по Нортхемптону Кейси Джонс обнаруживает пропажу символа «Варьете Луи» — Медной Коровы. Он намерен взяться за собственное расследование, но к делу подключаются и Эйприл, и черепахи.

Рафаэль и Эйприл отправляют Донателло проверить, что случилось с горячей водой. Тот спускается в подвал и обнаруживает там художника Кирби, который обладает замечательным кристаллом, оживляющим все рисунки его владельца.

Во время прогулки по крышам Спрингфилда черепахи встретились с человеком в маске и плаще. Он сказал, что он полицейский, и попросил их помочь ему проследить за одним грузовиком. Черепахи сделали это и даже помогли завершить его расследование. Но он так и не назвал своего имени.

Во время медитации учитель Сплинтер ощущает присутствие чуждого разума. Это умирающий в Японии старик, долг которого — передать дух силы самурийского клана Госей своему потомку. Его сын живёт в Нью-Йорке, но тот потерян для отца. Единственная надежда умирающего — его внук. Сплинтер соглашается стать проводником и доставить дух силы самурайского клана по назначению.

«Меня зовут Леонардо. Мы свернули не в том месте — и теперь нас прижали спинами к стене этого грязного переулка. Нам преградили путь пятнадцать Пурпурных Драконов, опаснейшая уличная банда Ист-Сайда. И отпустят они нас только в том случае, если мы будем мертвы!!!»

Так начинается первая история о Черепашках-ниндзя, первый классический комикс.

Четыре черепахи-мутанта узнают от учителя — Сплинтера, крысы, владеющей приёмами восточных единоборств, — свою историю. Они полны решимости сразиться со злейшим врагом своего наставника — воином по имени Шреддер, главой клана ниндзя Фут.

Бакстер Стокман представил своё изобретение. «Маузеры» — роботы, предназначенные для охоты на крыс. Таким образом учёный предлагает избавить город от «крысиной проблемы».

Однако ассистент Стокмана, Эйприл О'Нил, узнаёт, с какой ещё целью учёный создал роботов. Девушка пытается бежать, чтобы рассказать обо всём, но попадает в канализацию, а вслед за ней уже идут «маузеры»...

После сражения с Басктером Стокманом и его роботами черепахи помогают Эйприл выбраться из канализации и возвращаются домой. Однако они обнаруживают, что кто-то пробрался в их логово, а Сплинтер пропал! Где искать своего учителя, они не знают... Понимая, что скоро всю канализацию наводнят полиция и рабочие, черепахи решают отсидеться у Эйприл, но ведь до неё надо ещё добраться!

Черепахи продолжают поиски Сплинтера.

Во время стычки с кланом Фут они обнаруживают здание с аббревиатурой «TCRI» на крыше. Благодаря капсуле, на которой были начертаны эти буквы, черепахи и стали мутантами. Они пробираются в таинственное здание, чтобы найти ответы на мучившие их вопросы...

Из здания «TCRI» черепахи перемещаются на другую планету (правда, не сразу понимают это) — и тут же попадают в гущу событий. Под их опёкой оказывается робот, который представляется именем Ханекатт. За важной информацией, которая известна только роботу, охотятся военные и космические агрессоры трицератоны.

Черепахи и присоединившийся к ним Ханекатт пытаются выжить в этом круговороте событий...

Трицератоны схватили Ханекатта. Однако на корабле, на котором был доставлен робот, обнаруживаются ещё четыре черепахи. Это невероятная удача: теперь прайм лидер Занрамон знает, как заставить Ханекатта говорить. Он выставляет черепах на гладиаторской арене против четверых трицератонских воинов — увидев, какая опасность угрожает его друзьям, робот расскажет всё.

Черепахи, робот Ханекатт и несколько трицератонов переносятся в здание «TCRI», которое уже окружено военными и любопытным гражданским населением. Интерес вызывают странные лучи, время от времени вырывающиеся из этого здания.

После небольшой перестрелки черепахи с удивлением обнаруживают, что мастер Сплинтер жив и невредим. Они наконец узнают тайну своего происхождения.

Тем временем пришельцы из «TCRI» спешно работают над восстановлением перемещающего устройства, надеясь успеть до того, как здание атакуют военные.

После бегства из Нью-Йорка команда черепах вместе с учителем Сплинтером, Эйприл О'Нил и Кейси Джонсом скрываются в старом доме бабушки Кейси в городке Нортхемптон. Все тяжело переживают недавнее поражение. Эйприл ведёт дневник, где рассказывает о жизни своей и своих друзей.

Тоширо со своими детьми — сыном Сакаем и взрослой дочерью Таи — отправились в Киото. Они встретились с Микеланджело, который в это время готовился к ужину. Обменявшись парой фраз с черепахой, семья отправляется дальше.

Они не успели уйти далеко, когда их настигает Тачи — жених, за которого против своей воли должна выйти замуж Таи. Всадник увозит девушку, но Микеланджело следует за ними по пятам: он намерен вернуть дочь отцу.

Когда Кейси Джонс поселился на ферме своей бабушки, его кузен Сид решил навестить родственника. И у Сида был готов к братцу серьёзный вопрос: где деньги?..

Прогуливаясь по городу накануне Рождества, Микеланджело становится свидетелем ограбления. Особую ценность в эти праздничные дни представляют детские игрушки «Маленькие бездомные пришельцы». Как раз партию таких игрушек, предназначенную детскому дому, воры и намереваются украсть, надеясь разбогатеть на их продаже. Однако Микеланджело намерен остановить грабителей.