Леонардо возвращается с прогулки в городе очень необычным образом, крепко побитый. Он сообщает остальным черепахам, Сплинтеру и Эйприл, что встретился со Шреддером. Вслед за Леонардо в квартиру врываются воины клана фут. Черепахи, их учитель и Эйприл О'Нил в ловушке, им остаётся только бежать. Но как это сделать, если дом кишит ниндзя, которых ведёт в бой сам Шреддер?

Профессор Ханекатт работает над устройством, способном перемещать материю. Его разработками интересуются военные, но ему это не нравится — профессор не хочет, чтобы его изобретение использовалось для убийства.

Когда разразилась гроза, Ханекатт отправился за своим роботом, что работал на улице. Во время удара молнии разум профессора переместился в тело робота; человеческое же тело уничтожено.

Военные, узнав, что Ханекатт мёртв, начинают охоту за роботом-фуджитоидом, ещё не предполагая, чей разум поселился в металлическом теле...

Чанг Ли и его дядя, владелец ресторана, знакомятся с черепахами, когда те прогоняют вандалов, которые пытаются обезобразить заведение. Черепахи приглашены на обед, во время которого в ресторан врываются люди и запугивают хозяина. Чанг Ли прогоняет их, и негодяи в отместку намерены спалить заведение. Через некоторое время они сдерживают обещание. Воспользовавшись помощью черепах, Чанг Ли отстраивает ресторан снова и мстит обидчикам.

Черепахи с учителем Сплинтером и Эйприл О'Нил готовятся к Рождеству. Правда, Леонардо нет с братьями — он решил потренироваться в одиночестве. Однако он задерживается, и Сплинтер начинает беспокоиться. Как выясняется — тревожится учитель не зря.

После тренировки, на которой Рафаэль потерял над собой контроль, он отправляется в город — поостыть. Там, на улицах Нью-Йорка, он и находит родственную душу — борца с уличной преступностью Кейси Джонса. Поначалу, однако, они не находят общего языка.

История одной мести — безжалостной, но справедливой. Даже маленькая девочка, едва сумевшая уползти с кровавого поля боя, может быть очень опасна. В том случае, конечно, если она очень любила своего отца...

Копьеносец Брайот и колдун Адлмаск пробираются в покои Тормахана Завоевателя, чтобы найти способ сокрушить его могущество.

Рыбак Ларгарут видит страшные сны о том, как к его дочери Эриэл подбирается демон. Он сидит у её кровати, причём с каждым кошмаром становится больше. Тогда рыбак решает пойти к Ведьме Перешейка — испросить совета, как справиться с напастью.

Третий том комиксов о юных мутантах ниндзя черепахах был объявлен «неканоническим». Его события никак не повлияли на развитие истории во вселенной студии Мираж.

Черепахи сталкиваются с множеством новых врагов, но обретают и новых друзей. Они вступают в конфронтацию с ниндзя и Повелителем Драконов, спасают приёмную дочь Кейси Джонса Шэдоу, вновь встречаются с Кожеголовым и его другом утромом, сражаются с таинственной Леди Шреддер...

Два неофициальных выпуска комикса (№№ 24, 25), созданные силами фанатов, заканчивают историю Третьего тома, сводя сюжетные линии воедино и увязывая их с сюжетом «канонических» комиксов.

На логово черепах в день их рождения нападают киборги во главе с ниндзя Пимико. Они берут в плен Донателло и Сплинтера и уходят на вертолёте. Но Донателло удаётся вырваться...

Черепахи ищут новое логово, но за ними следят ниндзя Пимико. Донателло падает с огромной высоты. Сплинтер без сознания доставлен на место назначения. Пимико решает навестить черепах...

Микеланджело и Рафаэль сражаются с куноити, в то время как Леонардо ведёт ментальный диалог с Донателло, разбившимся на одной из улиц города. Повелитель Драконов знакомит Сплинтера со своей коллекцией мутантов.

Там, куда с большой высоты упал Донателло, его братья обнаруживают человеческий скелет, лежащий в черепашьем панцире. Они решают, что Донателло погиб. Сплинтер схватывается с акулой, а в это время Повелитель Драконов превращается в ящерицу. Донателло выясняет, что жив и что он теперь — киборг.

Донателло и его братья независимо друг от друга с разных сторон приближаются к логову Повелителя Драконов. В это время лорд Комодо собирается использовать Сплинтера в своих исследованиях и прежде, чем начинается схватка, впрыскивает ему мутаген. Во время битвы черепахи объединяются, а Пимико помогает их учителю, а затем и им самим бежать.

Черепахи сражаются с Донателло, чтобы проверить его новое тело. В это время появляется Кейси Джонс и атакует киборга. Леонардо, Микеланджело и Рафаэлю с трудом удаётся остановить потерявшего контроль над своим телом брата и тем самым спасти Джонса. Тем же вечером Кейси и Эйприл отправляются на вечеринку, оставляя Микеланджело в качестве няньки для маленькой Шэдоу.

Шэдоу похищена, и черепахи не знают, где её искать. Рафаэль, подозревая, что за этим стоит клан Фут, решает наведаться в их логово. Он получает задание, выполнив которое, он получит девочку назад. Рафаэль должен убить одного человека. Тем временем, узнав о похищении Шэдоу, Кейси Джонс приходит в бешенство и покидает черепах и Эйприл.

Выяснив, где находится Шэдоу, Рафаэль с некоторым трудом скрывается от недругов. Донателло следит за Кейси Джонсом, напивающимся в баре. Когда тот покидает заведение, то сталкивается на улице с бандитами. После этой схватки Донателло отправляет Кейси в больницу. Микеланджело узнаёт от брата, где находится Шэдоу, и спешит на её поиски.

Леонардо отправляется в Мидуэй Сити, где, по сообщениям в прессе, видели огромную летучую мышь. Там он надеется обнаружить мастера Сплинтера. На улицах города черепаха сталкивается с человеком в маске, называющим себя Дозорным Рыцарем...

Рафаэль и Микеланджело отправляются в Чикаго, чтобы встретиться с офицером полиции Драконом. Эйприл наносит визит мужчина, интересующийся миссис Джонс, её сыном Арнольдом и его дочерью. Донателло и Леонардо также вскоре отправляются в Чикаго.

Черепахи в Чикаго. Донателло и офицер полиции Дракон сражаются против Ребёрна, одетого в экзоскелет, и одерживают победу. За Кейси Джонсом установлена слежка. Он звонит матери и предупреждает о возможных посетителях...