Кейси узнаёт, что при родах Гейб умерла... Черепахи решают, что им делать — помочь Караи или нет... Крысиный король продолжает мучить Сплинтера... Эйприл и Робин узнают, что их отец завещал им немалую сумму...

Караи собирает черепах и раскрывает им свои планы относительно них... Кейси и Гейб подыскивают новое место жительства... После похорон отца Эйприл сообщает Робин, что намерена вернуться в Нью-Йорк... Сплинтер вынужден уступить Крысиному королю...

Эйприл продолжает жить в Лос-Анджелесе, но раздражается всё больше и больше... Кейси женится на Гейб... Сплинтер общается с Крысиным королём, а тот пытается уговорить его съесть крысу... За черепахами следят люди под началом Караи...

Сплинтер разговаривает с неизвестным, лёжа со сломанной ногой... Кейси делает Гейб предложение... Эйприл понимает, что Лос-Анджелес совсем не для неё... Черепахи сталкивается с неизвестным ниндзя, в котором они узнают воина личной гвардии Шреддера...

Кейси пытается найти работу, но пока у него не очень выходит... Как и у Эйприл... Сплинтер, забравшись на заброшенную фабрику, падает с высоты и ломает ногу... Черепахи всё ещё пытаются найти свой путь... Неизвестный ниндзя уничтожает подпольную лабораторию...

Сплинтер понимает, что дальше жить в лесу он уже не может... Кейси узнаёт, что Гейб, в трейлере которой он живёт, беременна, но не от него... Эйприл продолжает жить как все «обычные люди», хоть это ей и не нравится... Черепахи пытаются разобраться, в какую заваруху они угодили...

Кейси в Гоатхеде, медленно приходит в себя после избиения рядом с кафе... Эйприл с грустью вспоминает прежние времена... Сплинтер ведёт уединённую жизнь в лесу... А черепахи наконец-то нашли Фут...

Черепахи ищут следы клана Фут, который, по их мнению, бесчинствует в городе. Пока, правда, безуспешно. Эйприл добралась к своей сестре Робин в Лос-Анджелес, а Кейси следует за ней.

Кейси, Эйприл и черепахи вновь воссоединяются... Правда, не полностью: Сплинтер и Донателло остаются где-то в Массачусеттсе в то время как все остальные отправляются в Нью-Йорк...

Сюжетная линия мистера Бушеева тоже закончена.

Эйприл приезжает посмотреть дом, который она хочет купить у мисс Джонс. Кейси неожиданно встречается с Эйприл... Сражение черепах с элитой клана Фут заканчивается...

Черепахи и Караи сражаются с элитой клана Фут... Кейси с дочерью возвращается к матери... Эйприл подыскивает жильё...

Черепахи и Караи придумывают, как одурачить элиту нью-йоркского отделения клана Фут... Кейси получает назад свою машину... Сплинтер выбирается из места своего заточения... Робин уезжает, оставляя Эйприл...

Когда черепахи и Эйприл находились в музее, кости динозавра ожили под воздействием чьей-то магии. Это Саванти Ромеро нашёл способ обратиться к своим врагам. Чуть позже к черепахам прибывает Рене, заканчивающая своё обучение. Вместе с ними она переносится в доисторическую эпоху, туда, где обитает Саванти Ромеро.

Небольшой трёхчастный комикс о сражении черепах со Шреддером и его приспешниками. На этот раз план коварного злодея состоит в том, чтобы создать нового мутанта, и в качестве подопытного он решает использовать друга черепах Кейси Джонса.

Утромы освоились на луне и строят планы дальнейших действий. Черепахи сталкиваются с новой уличной бандой Мадхэттен Маулита.

После удара об автобус Микеланджело очухивается в некоем воздушном корабле, после чего попадает в госпиталь Курцбурга. Донателло, Рафаэль и Кейси Джонс обследуют старый грузовик, обнаруженный Донателло в заброшенном туннеле метро. Шэдоу отправляется на свидание.

Группа исследователей обнаруживает монстра в гватемальских джунглях. Донателло, Рафаэлю и Кейси Джонсу удаётся завести старый грузовик и даже выехать на нём на улицы города. Микеланджело покидает госпиталь: его уносит по воздуху Раптарр. Об этом полёте узнают Сплинтер и Шэдоу, следящие за телевизионными новостями. Утромы достигают Земли и ставят свой корабль на дно нью-йоркского залива.

Утромы выходят навстречу жителям Нью-Йорка. Микеланджело и Рафаэль сталкиваются в канализации с неким роботом.

Робот, с которым сражались Микеланджело и Рафаэль, оказался ни кем иным как профессором Ханекаттом — фуджитоидом. Утромы объясняют человечеству цель своего визита. Спустя месяцы после этого черепахи, Эйприл, Кейси и Шэдоу посещают остров пришельцев.

Джей, парень, с который встречается Шэдоу, подбирается к поместью в Нортхемптоне, где живёт Сплинтер и супергерои. Утромы обнаружили в теле Эйприл наноботов, на которые среагировала их сигнализация. Кейси вспоминает давний эпизод, когда на Эйприл напал робот и сделал ей укол в левое плечо. Он считает, что именно так были введены наноботы.