Черепахи-супергерои сражаются с Доктором Шреддариусом и его помощниками. Черепахи и Кейси Джонс надеются вывести наноботов из организма Эйприл О'Нил. С помощью тестов утромы выясняют, что Робин и Эйприл — не родные сёстры.

Утромы берут генетический материал у родителей Робин и Эйприл и выясняют, что последняя — приёмная дочь. Сплинтер и супергерои избавляются от Джея так, что тот уверяется в том, что всего лишь видел сон. Леонардо соглашается на поединок с Ча Очо, только во время тренировки. Эйприл О'Нил, которая и так в коме, становится хуже.

Утромы высаживаются в венесуэльских джунглях и подвергаются атаке разумных ящеров. В поисках решения проблемы Эйприл Донателло навещает старое логово в канализации, где обретается Бакстер Стокман. Утромы предлагают решить проблему Эйприл путём ввода в её тело наночерепахоботов.

Наночерепахоботы сражаются с наноботами Стокмана в теле Эйприл О'Нил и одерживают победу. Группировка людей, желающих изгнать пришельцев с Земли, совершает теракт. Черепахи получают сообщение, что Сплинтер умер.

В Центральном парке Нью-Йорка две девушки устроили пикник, когда на них напали. Почтить память Сплинтера собрались не только его друзья. На похоронах присутствовали даже Радикал, Ренет и Кожеголовый.

Эйприл разбирает старые вещи на чердаке в надежде узнать, кто она и откуда. Донателло отправляется к утромам, которые рассказывают ему о гибели экспедиции в Венесуэле. Около бара Рафаэль сталкивается с бандой вампиров.

Донателло и утромы в Венесуэле. Они исследуют ту местность, где исчезла экспедиция. Избитого, Рафаэля находят профессор Ханекатт и утром Глурин. Они отправляют его в госпиталь Курцбурга. Микеланджело встречает делегацию инопланетян — стиракодонов.

Эйприл связывается с Ренет, чтобы узнать правду о своём происхождении. Рафаэль мутирует после схватки с вампирами. Караи рассказывает Леонардо о сражении клана Фут с таинственным воином, вооружённым странным мечом.

Микеланджело обедает с представительницей инопланетной цивилизации в кафе быстрого питания. Профессор Ханекатт, а следом за ним и Раптарр безуспешно пытаются остановить мутировавшего Рафаэля. Леонардо, Караи и ниндзя Фут сталкиваются с таинственным воином. Донателло и утромы встречаются в Венесуэле со странными существами, которые перемещают их неизвестно куда.

Сражение Леонардо с таинственным воином прерывает Ча Очо; поверженного бойца обезвреживают ниндзя Фут. Микеланджело сопровождает представительницу иноземной цивилизации на прогулке. Донателло и утромы знакомятся с людьми — обитателями странного мира, где они все оказались. Рафаэль сталкивается в канализации с огромным ящером.

Микеланджело и его подопечная плавают в заливе. После сражения с таинственным воином врач осматривает рану Леонардо: тот получил удар по панцирю. Рафаэль сражается с ящером. Одно из существ, перенёсших Донателло и утромов в неведомый мир, появляется пред ними.

После схватки с Рафаэлем голова профессора Ханекатта оказалась оторвана от его тела; утром Глурин пытается вернуть её на место. Леонардо находит книгу оккультных, сакральных знаний. Рафаэль находится в логове черепах, когда туда звонит Кейси Джонс, обеспокоенный исчезновением Эйприл. Микеланджело спасает из рыболовной сети свою подопечную инопланетянку. Донателло вступает в контакт с существом, что перенесло его в этот мир с Земли; оказывается, что это утром в экзокостюме.

Микеланджело вступает в схватку со стиракодонами, явившимися за Сери. Донателло отправляется вместе с утромом Глиминалом за пределы сферы, в которой находился раньше, и узнаёт, где располагается это место. Леонардо возвращается в логово за катанами, где встречается с Рафаэлем и профессором Ханекаттом. Стиракодоны возвращаются домой, увозя в тележке земных лобстеров, но не только их...

Микеланджело оказывается в инопланетной тюрьме. Мутировавший Рафаэль выясняет, что уже не сможет обрести прежний облик. Донателло оказывается единственным, кому утром не смог вернуть первоначальный рост. Эйприл решает рассказать Кейси о своём происхождении.

Рассказ Эйприл о том, что показала ей Ренет, — о собственном происхождении.

Донателло демонстрирует Рафаэлю нового робота. Микеланджело в тюрьме надеется расшевелить сокамерников на какие-либо действия, но его старания тщетны. Леонардо, Донателло и Рафаэль обсуждают, есть ли возможность вернуть двоим из них нормальный вид. Эйприл прощается с Кейси и Шэдоу и уезжает.

Шэдоу спасается от преследующего её робота бегством. Леонардо с помощью записей, обнаруженных им в комнате Сплинтера, открывает портал в иной мир. Благодаря своему сокамернику Азокку Микеланджело удаётся бежать из тюрьмы. Рафаэль, Донателло и другие допрашивают одного из вампиров.

На Земле появляется очередной инопланетянин. Микеланджело отдыхает с Сери на берегу водоёма. Утром рассказывает Донателло и его друзьям свою историю. Профессор Ханекатт находит Рафаэля в логове черепах; тот уже вновь обрёл разум. Леонардо тренируется с Караи; одновременно они говорят о книге, найденной черепахой. Эйприл звонит Кейси и говорит, что не может вернуться домой в связи с тем, что узнала тайну своего происхождения.

Кейси Джонс, Рафаэль и Донателло поджидают группу вампиров в парке и неплохо их бьют. Во время прогулки по тюремному двору Микеланджело видит Сери и пытается до неё добраться. Леонардо с утромом Глэконом пытаются отыскать Микеланджело. Осознав бузеспешность этого дела, черепаха обнаруживает в записях учителя Сплинтера информацию о Битве Нексус. Шэдоу, катаясь на мотоцикле, видит своего парня Джея в машине в странной компании. Она следит за ними и выясняет, что Джей связался с экстремистской организацией, настроенной против пришельцев.

Сбежавший из тюрьмы Микеланджело попадает в ловушку. Металлоголовый спасает Шэдоу от преследующего её робота. Леонардо вступает в мир битвы Нексус и встречается с его обитателями.