Микеланджело обедает с представительницей инопланетной цивилизации в кафе быстрого питания. Профессор Ханекатт, а следом за ним и Раптарр безуспешно пытаются остановить мутировавшего Рафаэля. Леонардо, Караи и ниндзя Фут сталкиваются с таинственным воином. Донателло и утромы встречаются в Венесуэле со странными существами, которые перемещают их неизвестно куда.

Сражение Леонардо с таинственным воином прерывает Ча Очо; поверженного бойца обезвреживают ниндзя Фут. Микеланджело сопровождает представительницу иноземной цивилизации на прогулке. Донателло и утромы знакомятся с людьми — обитателями странного мира, где они все оказались. Рафаэль сталкивается в канализации с огромным ящером.

Микеланджело и его подопечная плавают в заливе. После сражения с таинственным воином врач осматривает рану Леонардо: тот получил удар по панцирю. Рафаэль сражается с ящером. Одно из существ, перенёсших Донателло и утромов в неведомый мир, появляется пред ними.

После схватки с Рафаэлем голова профессора Ханекатта оказалась оторвана от его тела; утром Глурин пытается вернуть её на место. Леонардо находит книгу оккультных, сакральных знаний. Рафаэль находится в логове черепах, когда туда звонит Кейси Джонс, обеспокоенный исчезновением Эйприл. Микеланджело спасает из рыболовной сети свою подопечную инопланетянку. Донателло вступает в контакт с существом, что перенесло его в этот мир с Земли; оказывается, что это утром в экзокостюме.

Микеланджело вступает в схватку со стиракодонами, явившимися за Сери. Донателло отправляется вместе с утромом Глиминалом за пределы сферы, в которой находился раньше, и узнаёт, где располагается это место. Леонардо возвращается в логово за катанами, где встречается с Рафаэлем и профессором Ханекаттом. Стиракодоны возвращаются домой, увозя в тележке земных лобстеров, но не только их...

Микеланджело оказывается в инопланетной тюрьме. Мутировавший Рафаэль выясняет, что уже не сможет обрести прежний облик. Донателло оказывается единственным, кому утром не смог вернуть первоначальный рост. Эйприл решает рассказать Кейси о своём происхождении.

Рассказ Эйприл о том, что показала ей Ренет, — о собственном происхождении.

Донателло демонстрирует Рафаэлю нового робота. Микеланджело в тюрьме надеется расшевелить сокамерников на какие-либо действия, но его старания тщетны. Леонардо, Донателло и Рафаэль обсуждают, есть ли возможность вернуть двоим из них нормальный вид. Эйприл прощается с Кейси и Шэдоу и уезжает.

Шэдоу спасается от преследующего её робота бегством. Леонардо с помощью записей, обнаруженных им в комнате Сплинтера, открывает портал в иной мир. Благодаря своему сокамернику Азокку Микеланджело удаётся бежать из тюрьмы. Рафаэль, Донателло и другие допрашивают одного из вампиров.

На Земле появляется очередной инопланетянин. Микеланджело отдыхает с Сери на берегу водоёма. Утром рассказывает Донателло и его друзьям свою историю. Профессор Ханекатт находит Рафаэля в логове черепах; тот уже вновь обрёл разум. Леонардо тренируется с Караи; одновременно они говорят о книге, найденной черепахой. Эйприл звонит Кейси и говорит, что не может вернуться домой в связи с тем, что узнала тайну своего происхождения.

Кейси Джонс, Рафаэль и Донателло поджидают группу вампиров в парке и неплохо их бьют. Во время прогулки по тюремному двору Микеланджело видит Сери и пытается до неё добраться. Леонардо с утромом Глэконом пытаются отыскать Микеланджело. Осознав бузеспешность этого дела, черепаха обнаруживает в записях учителя Сплинтера информацию о Битве Нексус. Шэдоу, катаясь на мотоцикле, видит своего парня Джея в машине в странной компании. Она следит за ними и выясняет, что Джей связался с экстремистской организацией, настроенной против пришельцев.

Сбежавший из тюрьмы Микеланджело попадает в ловушку. Металлоголовый спасает Шэдоу от преследующего её робота. Леонардо вступает в мир битвы Нексус и встречается с его обитателями.

Микеланджело видит кошмарный сон — и просыпается в компании трицератонов. Донателло оказывается схвачен, но ему на выручку спешит Рафаэль. Леонардо начинает своё первое сражение в мире Нексус, когда встречается со старым врагом.

В городе Свелфилде самым странным образом исчезли все люди и перенеслись в другое место. Битва в мире Нексус закончена, Леонардо оказался в выигрыше. Он узнаёт, что его напарник по сражению — совсем не тот старый враг, о котором он подумал сначала. Микеланджело на корабле трицератонов; он узнаёт о переменах в их обществе, случившихся с тех пор, как черепахи выступали на арене.

Профессор Ханекатт, утромы Глурин и Глиминал посещают Галактический бар, где встречаются с Кейси Джонсом. Один из посетителей — самоубийца из организации Ксихад — угрожает взорвать заведение. Во время обеда Ороку Йоши, нового друга Леонардо, пытаются вызвать на бой трое воинов. Микеланджело одерживает верх в схватке с трицератоном, демонстрируя свои бойцовские качества.

Кейси Джонс просыпается в доме Караи; он не помнит, что случилось ночью после того, как она увела его из Галактического бара. Микеланджело предстаёт перед Высшим Советом трицератонов; он присоединяется к ним в их войне.

Трицератоны уничтожают население планеты стиракодонов, чему становится свидетелем Микеланджело. Донателло приснился дурной сон о Кейси Джонсе, после чего с ним связалась Эйприл. Она звонила из телефона у придорожного бара, где компания хулиганов попыталась испортить её мотоцикл. Одному из уважаемых воинов битвы Нексус становится известно о прибытии в этот мир Леонардо.

Бакстер Стокман похищает Кейси Джонса, чтобы Шреддер сделал из него очередного мутанта. Черепахи спешат на помощь другу.

Шреддер вызывает подкрепление в битве с черепахами, но они повергают нового противника наземь. Чувствуя поражение, Шреддер разыгрывает свой последний козырь.

В тайную лабораторию Шреддера врывается огромный маузер и атакует черепах и Кейси Джонса. Помогает справиться с новой напастью вовремя подоспевший Мэн-Рэй.