В 1988 году вышла первая авторская книга Ф. Новотного – сборник рассказов «Nešt’astne přistani/Неудачная посадка», сокращенная внутренней цензурой издательства «Čs. spisovatel» примерно на треть. За нею последовали: сборник рассказов «Bradburyho stín/Тень Брэдбери» (1991); сборник рассказов «Ramax» (1992), принесший Новотному еще одну премию имени Карела Чапека;
историко-фантастический роман «Prsten od vévodkyně/Кольцо герцогини» (2011), открывший цикл «Kroniky karmínových kamenů», продолженный другими писателями; роман «Křižník Thor/Крейсер Тор» (2012); сборник рассказов “Pad na nebesa/Падение на небеса” (2014).
Когда Чехословакию накрыла накатившая волна увлечения фэнтези, Новотный написал пародийный роман «Dlouhý den Valhaly/Долгий день Вальгаллы» (в двух частях: “Meče a prsten/Мечи и кольцо” и “Vetřelci/Чужаки”) (1994), подписав его псевдонимом Frank N. Skipper, (что транскрибируется как Фрэнк Н. Шкипер).
Главный герой романа, немецкий военный летчик Первой мировой войны, попадает в фэнтезийную страну Вальхаллу, где переживает множество приключений, в том числе сражается с валькириями и драконами. Однако, увлекшись и проникшись темой, Новотный на полном серьезе написал и издал уже под своей настоящей фамилией продолжения указанного романа, в которых нордические боги ведут между собой битвы, используя в них погибших героев мировых войн: «Další den Valhaly: Dopoledne/Следующий день Вальгаллы: Утро» (2002), «Další den Valhaly: Odpoledne/Следующий день Вальгаллы: Вечер» (2003),
а также «Konečný den Valhaly: Chlapec s mečem/Последний день Вальгаллы: Мальчик с мечом» (2007) и «Konečný den Valhaly: Mezi světy/Последний день Вальгаллы: Между мирами» (2007).
В том же 2007 году роман «Dlouhý den Valhaly/Долгий день Вальгаллы» был переиздан двумя отдельными книгами.
В 2014 году все шесть книг цикла были изданы в составе омнибуса под общим названием «Valhala/Вальгалла». Этот цикл считается одним из лучших произведений послевоенной чешской фантастики.
Также Франтишек Новотный на протяжении многих лет публиковал свои рецензии на НФ-книги в ряде периодических изданий, в том числе в газете «Lidový novini».
Однако не только фантастикой жив человек. Еще до своего переезда в Прагу Ф. Новотный стал сотрудничать с журналом «Yacht» в качестве внештатного редактора, и это сотрудничество продолжается и ныне. Новотный публикует в журнале свои заметки о новых яхтах, их такелаже и техническом обслуживании, основал в нем несколько рубрик, посвященных истории яхтинга и парусного спорта, описанию морских и океанских плаваний чехословацких яхтсменов после Второй мировой войны. В 1999 – 2005 годах он публиковал в интернет-журнале Ондржея Неффа «Neviditelný pes» свои заметки и эссе на самые разные темы, начиная с кулинарии и заканчивая историей техники и военной историей.
Очень интересен его опыт сотрудничества с Чешским телевидением, где он, будучи одним из четырех модераторов и редакторов, вел на канале ČT24 передачу «Historicki magazine», около 40 серий которой можно при желании скачать по интернету из архива Чешского телевидения.
И еще о документалистике. В 2003 году вышла из печати книга Ф. Новотного «Veleobři oceánů/Сверхгиганты океанов», посвященная линкорам и крейсерам XX века, где не только произведено техническое описание 19-ти крупнейших боевых кораблей великих морских держав, но и рассказано о их судьбе.
В 2009 году издана книга «Plachty v ohni/Паруса в огне» -- о парусных военных кораблях от ладей викингов до трехпалубников с более чем 100 орудиями, о развитии морской стратегии и тактики, особенно в сражениях между англичанами и французами в XVIII веке и в эпоху наполеоновских войн. В книге «Za kormidlem nejen na Jadranu/За рулем не только в Адриатике» (2010) излагаются советы начинающим яхтсменам с приведением соответствующих примеров из богатого опыта автора.
Кроме этого Ф. Новотный частично перевел и полностью редактировал три тома «Encyklopedie konfliktů 20. Století/Энциклопедия конфликтов 20 века»,
участвовал в переводе энциклопедии «Lodě, 5000 let námořních dobrodružstvi/Корабли, 5000 лет морских приключений», а затем самостоятельно перевел энциклопедию «Námořní bitvy/Морские сражения»,
знаменитый Оксфордский морской словарь, получивший чешское название «Velký slovník lodí a more/Большой толковый словарь кораблей и моря», книгу Джонатана Твигга «Hitlerovi Vikingové/Викинги Гитлера» -- о скандинавских эсэсовцах,
а также две брошюры популярной военно-морской исторической серии «Záliv Leyte 1944» и «Iwodžima 1945».