Калеб изменил протокол, чтобы во время сбоя подачи электроэнергии двери не блокировались, а открывались. Когда Ава ушла, она опять сделала сбой, чтобы Калеб не мог все вернуть назад (или что-то по новой поменять). Почему не открылись все двери?

Насколько я помню, Ава забрала пропуск Натана и просто ушла. А без пропуска Натана, Калеб не может ни дверь открыть, ни в систему войти.

Калеб изменил протокол безопасности так, чтобы при перегрузке системы все двери не блокировались, а наоборот — открывались. После того, как роботы вышли, система опять загрузилась. Ава взяла пропуск у мертвого Натана и вышла. Когда Калеб попытался опять перепрограммировать протокол, снова отключилась энергия. Поскольку других изменений не было — двери должны были открыться.

Натан создал разум, и тут-же пытается его убить.
Ава просто защищалась.

Натан тестирует созданный им разум, который пока не доказал, что он равен человеческому. Он обнаружил, что Ава сумела манипулировать Калебом. Да, это неплохо. Но это еще не полноценный разум. Работы впереди еще очень много.
Убивать Натана было не обязательно, но весьма практично. И других вариантов Ава не рассматривает. Она убивает Натана, оставляет Калеба на верную смерть... Ава лишена каких-либо моральных принципов, нравственных ограничителей — она гораздо страшнее Натана.

Terminator
"Когда Калеб попытался опять перепрограммировать протокол, снова отключилась энергия. Поскольку других изменений не было — двери должны были открыться."
Нет. Когда Калеб пытался по своему пропуску зайти в систему дома, система просто отключила терминал.
Никакого сбоя в питании не было.
К тому-же, сбои устраивала Ава, у неё уже был пропуск Натана, и устраивать сбои ей больше не надо было. А без Авы, питание работало нормально.

Эммм... А почему тогда кругом загорелся красный свет, как при сбое?