скрытый текст (кликните по нему, чтобы увидеть)
Спустя пятьдесят лет после событий «Штамм Андромеды » в тропических лесах Амазонки обнаружена аномалия. Для исследования аномалии выбрана команда, состоящая из Нидхи Ведала, Гарольда Одхиамбо, Пэн Ву, Эдуардо Бринка и Софи Клайн. Джеймс Стоун, сын Джереми Стоуна, выбран в качестве замены в команде в последнюю минуту надзирателем генералом Стерн на основании догадки. Команда отправляется на Амазонку, за исключением Софи Клайн, американского астронавта, проживающего на Международной космической станции.
Путешествие группы к аномалии оборачивается катастрофой, когда местные соплеменники нападают ночью со странной жестокостью. Бринк и местные гиды, возглавляющие группу, убиты. На следующий день Пэн находит тело Бринка и обнаруживает в его сумке пузырек с ядом Омега. Она хранит яд, так как не может доверять другим из-за существовавшего ранее тревожного расстройства. При исследовании тел соплеменников группа обнаруживает, что они были заражены новым штаммом Андромеды: AS-3. Одиамбо обнаруживает, что соплеменников сопровождал маленький мальчик Тупа, который связан со Стоуном.
Группа связывается с Клайном, пытаясь передать информацию Стерну, поскольку в джунглях трудно связаться с кем-либо, кроме космической станции. Поверив, что Бринк все еще жив, Клайн передает им закодированное сообщение, в котором говорится, что он должен использовать яд Омега против ученых. Достигнув аномалии, они обнаруживают, что она растет и образовала здание. Они входят туда и обнаруживают тела нескольких рабочих, а также контрольный люк, после чего Клайн связывается с ними и говорит, что они не должны были приходить. У Пэна начинается паническая атака, когда пол начинает превращаться в зыбучий песок. Она убегает, а не входит в люк вместе с остальными, и заражается. На последнем издыхании она показывает, что Андромеда есть на каждом планетном теле Солнечной системы. Это был инопланетный механизм, ищущий другие формы жизни.
Оставшиеся ученые и Тупа продолжают спускаться по люку, но обнаруживают, что он наполняется речной водой. Ведале удается добраться до другого конца и открыть люк, но Одиамбо не может двигаться достаточно быстро и тонет, не успев добраться до безопасного места. Оставшись только со Стоуном, Ведалой и Тупой, троица обнаруживает, что Клайн создал космический лифт. Двое ученых поднимаются на лифте и сталкиваются с Клайн, но обнаруживают, что она не желает идти на компромисс со своими планами. В конечном итоге Стоун вынужден убить ее, используя яд Омега. Выясняется, что Стоун — ребенок из первого инцидента, Джейми Риттер, и что его воздействие первой инфекции сделало его эффективным иммунитетом к Андромеде.
Понимая, что Андромеда превратилась в новую, еще более смертоносную форму, Стоун решает разорвать нить Андромеды, служащую цепью для космического лифта, почти умирая в процессе. Он успешно справляется с этой задачей, спасая мир. Стоун воссоединяется с Тупой и Ведалой. В эпилоге Стоун и Ведала женятся и подают прошение об усыновлении Тупы, в то время как Стерн и группа других ученых замечают, что Андромеда достигла Сатурна и напрямую соединяется с неизвестным внеземным источником.